se posso darti un consiglio, lascia stare h264ts_cutter che è molto buggato e non è più sviluppato da un anno.
Il decoder che hai tu è lo stesso che ho io e mi sono fatto una certa esperienza con le registrazioni HD.
come ti è stato detto, munisciti di haali media splitter e ffdshow per cominciare, poi scarica ts doctor
http://www.cypheros.de/dvb_e.html
Per unire i file apri ts doctor, vai su tools->file merger, lì metti i file in ordine progressivo (il primo è sempre .trp, poi .001, .002 etc) dagli un nome quellochetipare.trp.
Poi scarica tsremux
http://www.videohelp.com/tools/TsRemux , apri il file appena creato quellochetipare.trp, spunta tutti i flussi video e audio che vuoi tenere, poi dai un nome al file da salvare quellochetipare.ts. Questa operazione potrebbe essere superflua ma molto spesso ci sono problemi di compatibilità tra gli editor e i transport streams in forma trp, per cui è meglio avere un ts standard.
Fatto ciò apri il file quellochetipare.ts in ts doctor, sotto clicca cut, se i codec li hai installati bene con haali media splitter a ffdshow dovresti essere in grado di visualizzare il video e sentire l'audio nella preview. A questo punto vai avanti nel file e nelle caselle begin e end inserisci le posizioni temporali a cui vuoi tagliare. Ti avverto già in partenza che ts doctor non taglia i file con precisione al fotogramma ma al GOP, per cui potresti avere fino a 0.5-0.7 secondi di materiale indesiderato che ti rimane. Al momento non ci sono modi efficaci e automatici per ottenere una precisione al fotogramma con video avc (con nessun software intendo dire!), a meno di non ricodificare tutto il file ma a quel punto tutto questo discorso viene meno. A questo punto confermi, e nella schermata principale dai start. Se ti compare qualche messaggio tipo PCR out of range o altre cose, dagli ok e fagli correggere tutto.
Una volta tagliato il segmento sarebbe buona cosa aprirlo con lo stesso ts doctor, andare in preview e vedere che il taglio sia stato fatto bene.
Ripetere l'operazione di taglio tante volte quanti sono i segmenti che ti servono.
Ottenuti questi, devi usare TsMuxer
http://www.videohelp.com/tools/tsMuxeR
se hai intenzione di unirli in un unico file. Apri il primo tramite il tasto add e poi gli altri in ordine con join. Sotto metti TS muxing, gli dai un nome quindi start.
Le operazioni a questo punto sono terminate e il file dovrebbe essere a posto, l'unica cosa dovresti provare che la sincronia audio sia rispettata.
Buon lavoro!