Il modo è:
estrarre la traccia audio dal filmato, elaborarla con programma apposito (un audio editor) e reinserirla nell'MP4 con un muxer MP4
Di programmi ce ne sono tanti. Io conosco quelli gratuiti tipo Avidemux e Virtualdub (con plugin mp4 per questo caso), per estrarre la traccia; avidemux può essere usato anche per il muxing finale.
Per aggiustare l'audio, puoi usare Audacity.
Però... se c'è silenzio totale, e se la traccia audio non è corrotta, non c'è modo di recuperare... nel senso recuperare cosa? ciò che non esiste... ?