Ah ok, quindi hai unito due registrazioni fatte separatamente?
Quello che intendevo io è che alcuni decoder, quando dividono la registrazione (sempre ammesso che lo faccia anche il tuo) fanno saltare qualcosina, quindi se vai ad unire i due files registrati noti per forza un salto nel punto dove hai unito (adesso non ricordo se fosse rilevabile da TsChecker, ma credo di no... perché quando vai a risalvare la registrazione con altri programmi spariscono gli errori. TsChecker analizza la registrazione nativa come uscita dal decoder e ti indica eventuali salti al segnale, dunque per scroprire gli eventuali salti dovresti analizzare ogni singolo file registrato prima di unirlo).
Se ti capiterà di fare una registrazione più lunga, prova sempre ad analizzarla con TsChecker. Se dovessi avere eventuali salti, dovrebbero apparire.
Non vorrei che però nell'operazione di esportazione (ovvero quando vai a salvare dall'hard disk alla pen drive, tramite il decoder stesso), anche in questo modo spariscano le informazioni sugli errori... per accertarti di questo, dovresti controllare di proposito con TsChecker una registrazione dove hai notato ad occhio che c'è stata una pixellata, così da capire se il tool la riesca davvero a notare oppure no.