Guarda basilico che spegnere un hard disk mentre è alimentato ed è in funzione può essere deleterio. Come fai a sapere se è in funzione oppure non è in funzione ? Se l'hard disk è collegato ad un pc dovresti spegnerlo proprio mediante il pc perchè così l'hard disk meccanico provvede al "parcheggio" meccanico delle testine. Gli hard disk, per velocizzare l'accesso ai dati, hanno un buffer di memoria grande e se il buffer contiene qualche dato che non ha ancora scritto fai un "patatrac". Comunque nel connettore Molex con 4 fili il significato dei colori sarebbe:
Giallo +12 V
Nero Massa
Nero Massa
Rosso +5 V
Dovendo fare il lavoro che dici io interromperei le due masse con un interruttore ... anche perchè se colleghi male il nero e si sfila toccando la scocca non fa dei danni ma se si sfila un positivo, e fa la stessa cosa, possono essere dolori. L'hard disk dovrebbe assorbire le due tensioni fornite per funzionare. Chiaramente scollegare le masse per inibire il funzionamento dell'hard disk può aver senso se non ci sono parti metalliche dell'hard disk in contatto con la scocca (se a massa) ... per esempio quando si usa una striscia/struttura di plastica per montare l'hard disk altrimenti bisogna necessariamente interrompere i positivi di alimentazione.