Ho installato l'hex editor di cui hai parlato: HxD, molto meglio di quello che usavo io (ormai vecchiotto), e mi ha caricato istantaneamente i file grandi.
Cancellato la parte che dicevi, quindi da 0 a BBFF (lunghezza BC00 = 48128 decimali), unione con copy \b... ma purtroppo niente da fare, il glitch è rimasto invariato.
Ci stavo sperando perché anche senza quei 48kiB, il secondo file da solo veniva pure riprodotto perfettamente da MPC.
A sto punto penso che i file extra, almeno nel tuo caso, nella riproduzione con decoder servono anche per saltare quel pezzo doppione (più che inserire qualcosa, come invece pensavo io). In effetti certamente contengono un indice (lo si deduce dalle estensioni tipo idx che spesso hanno, anche se hanno formati diversi all'interno), evidentemente l'indice salta quel pezzo ridondante in testa al secondo file.
PS: nel mio caso sono dei file .mts effettivi (non .ts rinominati impropriamente dal decoder come .mts di cui ho parlato più su, cosa che fanno altri decoder), in pratica è lo stesso contenitore usato nel blu-ray.
.ts (o equivalenti) ->
https://en.wikipedia.org/wiki/MPEG_transport_stream
.mts (o equivalenti) ->
https://en.wikipedia.org/wiki/.m2ts
