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Penso che un pò tutti i programmi di editing file dvd e mpeg permettono quanto da te richiesto. Ad esempio c'è sempre il buon @Super che è free:
basta caricare il file, poi scegliere il tipo di codec da usare nel tuo caso MpegII cosi si attivano le opzioni di interlacciamento e deinterlacciamento in sezione Option/Other Option.
Con Nero Vision, a pagamento, è possibile ma solo salvando in formato dvd ... basta andare in sezione Più/Opzione Video/DVD-Video e scegliere l'opzione che ti interessa nella tendina che si apre cliccando sulla freccia al rigo Formato Campione.
Poi ce ne sono anche altri... insomma non c'è che da smanettare nelle sezioni Opzioni di tali tools.