si in pratica tutti:
avidemux, format factory, mediacoder,...
Il problema è la sincronizzazione audio video:
sembra che è meglio che ti scarichi i codec a parte (non utilizzando i codec built-in) e utilizzare avisynth per l'importazione in questi programmi.
Non sono molto esperto, ma in questa pagina ci sono altri thread che avranno già spiegato la problematica che hai posto (visto che è molto comune).
Prova a cercare.
