Col programma che dici non so come si faccia, non conoscendolo...
L'audio dentro l'mp4 in che formato è? Tipicamente è AAC, ma non è detto, potrebbe essere anche mp2, mp3 od altro previsto dal contenitore MP4.
Farei così:
estrarrei l'audio aprendo il file MP4 in Avidemux, si salva la traccia audio come file audio.
con editor che non ricomprime, tipo MP3 Direct cut (sa lavorare direttamente su mp3 e AAC e anche mp2 mi sembra), c'è una funzione per poter selezionare la porzione d'interesse e azzerare il volume o creare dissolvenze... senza necessità di ricodifica.
Dopodiché si salva la traccia e la si riimporta in avidemux e si risalva il tutto.