Te l'ho detto, non credo si tratti di una incompatibilità tra scheda madre e software.
I dati sulla temperatura dell'hard disk sono forniti dal protoccolo SMART.
SMART sta per Self-Monitoring, Analysis and Reporting Technology,
http://it.wikipedia.org/wiki/Self-Monitoring%2C_Analysis_and_Reporting_Technology.
In pratica sono una serie di informazioni di autocontrollo dei parametri vitali dell'HDD che vengono forniti tramite il cavo dati.
Qui trovi il significato di ogni attributo:
http://www.siguardian.com/products/siguardian/on_line_help/s_m_a_r_t_attribute_meaning.html
Poichè ogni attributo ha un valore tra 1 e 256, il valore 0 è un valore "anomalo".
Questo potrebbe voler dire due cose:
1) Il dato non viene letto perchè quel tipo di sensore o controllo non è presente. Il protocollo, infatti, non attribuisce la necessarietà dell'implementazione di tutti gli atrributi, ma lascia libero ogni produttori di implementarli.
2) Il dato, per qualche motivo, è andato corrotto o perso.
Nel secondo caso le possibilità sono varie, andiamo per ordine:
2a) Il disco si è danneggiato, la cosa mi smebra molto poco probabile, perchè non si danneggerebbe solo il sensore della temepratura, ma darebbe anche altri segnali.
2b) Errore di comunicazione tra disco e scheda madre, inq uesto caso le cause sono molteplici, per esempio se è un disco ATA collegato ad un controller SerialAta mediante un adattatore ciò potrebbe succedere, oppure il cavetto ATA (quello ad 80 fili) non è più efficiente e va sostituito. Più remote le possibilità di un danneggiamento della scheda madre perchè non si danneggia solo un componente.
l'ipotesi di incompatibilità tra una scheda madre ed un software, cioè un problema di tipo logico, è da escludere categoricamente in quanto sarebbe stato segnalato e prontamente corretto.
Questa è la mia opinione ma, ovviamente, senza avere il PC davanti non sono in grado di fare una diagnosi corretta e compelta.
Io opererei in questo modo.
Atteso che il problema si presenta su più software, scarterei l'ipotesi software, e mi muoverei su quella fisica.
Visto che hai sostituito la scheda madre per una sovratensione, controllerei se c'è qualche danno agli integrati dell'HDD, solitamente sono i primi a subire le sovratensioni, subito dopo la scheda madre.
Scartata l'ipotesi di un danneggiamento dell'HDD (o in mancanza di riscontri), controllerei il cavetto, il corretto inserimento delle spinette nell'HDD e sulla piastra madre, ed il corretto inserimento dei cavi. (se l'HDD è configurato come master, va collegato all'estremita del cavo, se come slave, alla piattina di mezzo, se collegato come Cable Select, è il cavo a decidere la sua "priorità".
Fatte questi controlli, se il problema c'è ancora, sostituirei il cavo con uno nuovo (solitamente escono nelle confezioni delle schede madri, e se è collegato con quello nuovo, userei quello vecchio della precedente scheda, per verifica).
Se fatto ciò ancora non funziona il monitoraggio SMART, allora inizierei a far fare un controllo intensivo dell'HDD, perchè la cosa più probabile è che sia, seppur lievemnte, danneggiato.
P.S. Sempre che il tuo disco supporti il monitoraggio della temepratura. la lista completa dei dischi che lo supportano è qui:
http://www.hddtemp.com/home/hdds.html