su VidCoder non imposti cambio risoluzione ecc. se non vuoi quella originale? l'H264 è praticamente MP4.
Si, puoi lasciare inalterati i valori. Io di solito abbasso la risoluzione a 1024x576 rapporto 1:1 con compressione al 18%.
A volte la porto a 720x404, rapporto 1:1 e compressione 15%. Così da 9GiB passo a 2GiB o 800MiB/1GiB. Dipende da cosa voglio farci.
Lato mpeg4, la cosa è un po' più complessa anche perché non vorrei scrivere imprecisioni, dovrei rivedermi un po' la teoria. Detto in modo semplice è il contenitore del media (audio, video, entrambi, altro) dove ci metti dentro quello che vuoi. Puoi decidere che codec usare e come combinarli tra loro, tra quelli possibili per tale contenitore, sia per il video che per l'audio. È più efficiente del mpeg2 ma nel senso che l'mpeg2 prevede per se codec datati e meno efficienti.
Anche mkv, avi, TS, PS, vob, etc. sono contenitori ed ognuno ha i propri codec ammessi. Il semplice cambio estensione, teoricamente possibile fino ad un certo limite, ti permette di far aprire direttamente il file al player ma non è detto che funzioni (questo potrebbe anche ingannare il software, come ad esempio MKToolnix e non permettere una perfetta giunzione). Il player potrebbe anche accorgersi che, nonostante l'estensione, sia un formato diverso e decidere di non mostrare nulla o adeguarsi al reale contenuto (eliminando il superfluo).
Nello specifico avere un file mkv e rinominarlo in mp4 non è detto si possa fare sempre. E per questo lascio sia il VidCoder ad arrangiarsi.