Puoi usare tranquillamente CCleaner, però usalo correttamente, cioè eliminando tutte quelle voci che puntano a programmi ormai inesistenti.
Purtroppo molti software (anche Windows) lasciano tracce nel registro anche quando sono stati cancellati e/o modificati. Alcuni addirittura lasciano anche la cartella d'installazione con qualche dll dentro.
Mantenere il registro di configurazione pulito ed ordinato, è molto importante perchè all'avviamento molte voci vengono precaricate in memoria alta, e se sono troppe possono appesantire il sistema rallentandolo.
Esempio pratico di questo è quando si fa "tasto destro" e "apri con". Quelle informazioni sono nel registro e vengono precaricate in memoria alta all'avviamento, e a volte è probabile che ti esca un software anche se questi non esiste più.
Se lo usi bene, CCleaner è ottimo e non ti arreca nessun danno.