È "strano" ma possibile, ed è sicuramente dovuto al cambio codec (HE-AAC). Questo perché, come ho scritto precedentemente, con questa codifica, la maggior parte delle informazioni relative ai suoni con frequenze maggiori di 8KHz (frequenze alte) non vengono scritte all'interno del file stesso, ma in fase di riproduzione della traccia audio vengono ricostruite quasi totalmente dal software che riproduce il suono sulla base delle frequenze più basse (grazie ad un algoritmo). Evidentemente, vengono "ricostruite" male dalla TV, creando un effetto "elettronico", con tono più alto (come quando si velocizza la traccia audio).
Questo problema lo noti anche sul 66 Radio 105 TV e 67 R101 TV ?
Prova con i canali HD Mediaset se noti differenza tra audio Italiano e Inglese (quest'ultima traccia è HE-AAC), quando non viene utilizzata per l'audio originale. Puoi provare anche Iris, Italia2, 27, La5 nelle versioni "definitive" in MPEG4.
Se decodifica correttamente, non dovresti notare differenze tra le due tracce.