Non sarebbe la prima volta che un aggiornamento va a modificare qualche impostazione di fabbrica. Ad esempio, diamo per buona la tesi che il televisore non sia compatibile con Dolby Digital Plus. Se con il software precedente l'uscita audio era impostata di default su Dolby Audio o PCM, il decoder provvedeva a convertire la traccia audio Dolby Digital Plus in uno dei due formati e poi la inviava al televisore, che riceveva quindi una traccia audio in un formato compatibile e riproduceva correttamente il suono. Ipotizziamo ora che con l'aggiornamento sia stata impostata di default la voce pass-through che invia al televisore l'audio originale, senza alcuna modifica o manipolazione. Se così fosse, il decoder prenderebbe la traccia Dolby Digital Plus dei canali Mediaset e la invierebbe così com'è al televisore, che riceverebbe quindi una traccia audio in un formato non compatibile dando come conseguenza l'assenza dell'audio, dato che mancherebbe il codec e forse pure il supporto hardware per la corretta riproduzione di quella traccia.
Questa è ovviamente solo una mia ipotesi, ma è l'unica a cui ho pensato che possa spiegare la situazione, anche perché in passato per esperienza ho visto casi di questo tipo. Poi magari sbaglio e non c'entra niente tutto quello che ho scritto. Suggerisco solo di provare.