Gimp ti permette di fare ciò che vuoi con la trasparenza ? Si forse è un po' controintuitivo anche se è potente: se non lo conosci e lo hai usato poche volte può apparire complesso, ma si può imparare ed una volta fatto lo sforzo per manovrarlo a dovere diventa semplice. Di alternativo io conosco Paint.NET con il plugin BoltBait Pack, che gestisce la trasparenza, però anche questo applicativo ha i suoi pregi e difetti. Puoi usare Gimp anche solo per realizzare certe funzioni grafiche per poi proseguire con altri applicativi. Nel mio caso la trasparenza la uso con documenti scansionati, per cui il colore bianco è tipicamente lo sfondo, e allora trovo particolare beneficio con la voce del menu "Livelli" -> "Trasparenza" -> "Colore ad Alfa" che mi consente facilmente di ottenere una trasparenza del colore della gradazione del colore del foglio nel caso in cui debba sovraporre due zone del documento. Questa è la mia esperienza, ma comprendo che la trasparenza può essere usata per scopi molto diversi dal mio.