Haali media spitter va installato. (ciò significa che una volta installato, non ci pensi più)
Hai 2 programmi perchè sono 2 i passaggi da fare.
Il primo serve per estrarre il video e l'audio dal contenitore TS, il secondo ricombina i due file in un altro contenitore.
Una ricodifica con un programma diverso può durare ore (un film in HD) e degrada la qualità.
Se io mi trovassi nelle tue condizioni installerei Haali media splitter (
http://www.free-codecs.com/haali_matroska_splitter_download.htm)
Quindi userei tsmuxerGui per splittare il file in altri 2, rispettivamente audio e video separati. (
http://www.smlabs.net/tsMuxer/tsMuxeR_1.10.6.zip scompattato l'archivio, l'applicazione da usare è tsMuxerGUI)
Ottenuti i due file audio e video con tsMuxerGUI, devi ricombinarli con MkvmergeGUI che è contenuto in MKVtoolnix (
http://www.videohelp.com/download/mkvtoolnix-unicode-4.4.0-setup.exe). Per usarlo, va installato e lanciato.
Lanciato MKVmergeGui, ti si apre la finestra dell'applicazione e con il pulsante "Add" aggiungi il file video, poi premi add nuovamente ed aggiungi il file audio. A questo punto, se non hai altri files da unire (perchè volendo li unisce anche, con la funzione "append") scegli il nome da dare al tuo video.mkv e dove salvarlo, poi premi il pulsante "start muxing".
...è molto più facile a farsi che a spiegarsi.