HarmonyOS ha avuto un rapporto complesso e mutevole con Linux; le prime versioni includevano il kernel Linux, ma Huawei si è poi spostata verso un proprio microkernel con HarmonyOS Next per un sistema totalmente indipendente da Android e dal kernel Linux per i dispositivi mobili, pur mantenendo l'architettura a microkernel anche per PC e altri dispositivi. Inizialmente, HarmonyOS era pensato per i dispositivi IoT e per distribuire aggiornamenti, ma è diventato il sistema operativo per tutti i dispositivi Huawei dopo il ban americano.