Premessa: io non uso le ultime versioni di Avidemux, perché avevo riscontrato problemi: ora non ricordo a che proposito, e anche per altri motivi. Uso la versione 2.5.6-1 che anche da qualcun altro qui è considerata più stabile; mi ero dimenticato di specificare questo.
Comunque a parte questo, riguardo il codec usa H.264 (quello che tra parentesi è specificato come x264, nel caso nelle nuove versioni di Avidemux te ne trovi due di implementazioni di H.264, non ne sono sicuro se ne usa solo una, mi sembra due nelle ultime versioni); questo però va anche impostato, ovvero devi specificare i vari parametri: il bitrate adeguato: impostalo almeno come quello del file originale di ingresso(il problema che ti segnala, sembra si riferisca a questo). Come dicevo poi, considerando che vuoi sommarlo agli altri tre, deve avere gli stessi parametri degli altri tre, altrimenti rischi che il quarto file non sia "sommabile" agli altri, perché fatto con parametri differenti dell'H.264.
Per sapere che parametri sono stati usati devi fare un'analisi del file; puoi usare Avinaptic e generare il rapporto (abilitando anche analisi DRF).
In alternativa, potresti ricomprimere anche i primi tre file con le stesse impostazioni che usi per il quarto file, e poi sommarli... Questa soluzione è più semplice, però così perderesti un po' di qualità anche sulle prime tre parti... Se non hai particolare dimistichezza, vale la pena in ogni caso provare la prima strada, può darsi che i parametri siano gli stessi e il file sarà sommabile...