Non si fa più fatica a gestire un file system rispetto ad un altro. Se un sistema informatico lo supporta, allora non ci sono problemi. Inoltre, in un pc, in una rete informatica, l'NTFS è più "complesso" rispetto alla FAT32, in un decoder no. Le funzioni "complesse", come per esempio il journaling, non vengono implementate, ne la gestione utenti e i permessi file.
Per quanto riguarda invece le funzioni basilari di un file system, ignoro se FAT32 e NTFS sono uguali o se addirittura è più efficiente l'NTFS.